可是，他即位时已经是1604年，此时南有明朝，东北有后金，都是不可小视的力量，尤其是努尔哈赤的后金，更是崛起迅速。
他的父亲莽骨还早逝，他从爷爷布延薛禅汗那里接过沉甸甸的汗位，也接过来一个即将四分五裂的蒙古各部。
终其一生，他都在与后金作战，只是令他想不到的是，1634年，四十三岁的他病死在青海大草滩后，他留下的一切，他的江山，他的部下，甚至他的妻子儿女，全都归顺到了后金手里。
后金天聪八年八月，林丹汗的侧福晋，时称窦土门福晋，率先到皇太极的军营行幄。
皇太极接纳了她的人马，娶了窦土门福晋。
崇德元年七月她被封为东衍庆宫淑妃，位居崇德五大福晋的第四位。
后金天聪八年，林丹汗的多罗大福晋囊囊太后娜木钟生下林丹汗的遗腹子阿布鼐。
第二年三月，她率领一千五百户部众来归。
她是林丹汗的正室大福晋，八大福晋之首。
统管阿纥土门万户斡耳朵。
蒙古阿霸垓部后封郡王额齐克诺颜之女。
改嫁爱新觉罗·皇太极后，为他生下襄昭亲王博穆博果尔和固伦端顺公主，地位尊贵。
四月，林丹汗另一个多罗大福晋苏泰太后带着她的儿子额哲，即林丹汗的继承人，又率一千户部众来投，并献上历代传国玉玺。
叶赫那拉氏苏泰，是叶赫部德尔赫礼台吉之女。
归顺后金，改嫁爱新觉罗·济尔哈朗。
她是济尔哈朗已去世的继福晋之姊。
随同两位尊贵太后前来的还有林丹汗另两位侧室福晋伯奇福晋。
伯奇福晋，名苔丝娜。
归顺满清后，改嫁爱新觉罗·豪格为其侧福晋。
俄尔哲依图福晋，归顺满清，改嫁爱新觉罗·阿巴泰。
疑为阿巴泰时已去世的元配嫡福晋那拉氏之妹。
至于林丹汗的二妹，二公主在林丹汗死后，与众福晋一起归附满清，改嫁爱新觉罗·代善。
她们的到来，让皇太极和诸王贝勒们欣喜若狂，因为不但送来美女，还带来了众多的家产人口及牲畜财帛等。
关于他的两个儿子，长子额尔孔果洛额哲是苏泰大福晋生的。
归顺后金以后，皇太极将次女马喀塔许配给他。
1636年(清崇德元年)完婚。
同年，额哲被封为察哈尔亲王。
1641年(清崇德六年)额哲因病去世。
额哲死后，她又嫁给额哲之弟阿布鼐。
次子阿布鼐，母亲是囊囊大福晋娜木钟。
他是林丹汗的遗腹子。
顺治二年(1645年)，娶寡嫂。
三年后，他袭遗爵封察哈尔亲王。
相比较哥哥，他虽然没有见过父亲，但是他对先人的耻辱耿耿于怀，多年不朝觐。
于是被革职下狱。
他的儿子们因为趁着吴三桂等人的叛乱，想营救父亲出京，结果兵同命运，阿布鼐也因"负恩失礼"被削爵处死，走完了看似风光却悲催的一生。
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