在宋朝被追封为妙应真人，道教尊其为天医妙应广援善济真君，许多华人奉他为医神。
孙思邈年少之时，便聪颖过人。
当时的洛阳总管独孤信见了孙思邈之后说：。
孙思邈长大之后，常常谈论老庄及诸子百家的学说，也喜欢佛经。
他的道术也不可胜计。
据资料记载，唐时的许多名士，像宋之问、孟诜、卢照邻等，都对孙思邈持弟子的礼节。
大臣魏征等受命编修齐、梁、周、隋等五代史时，恐怕有遗漏，多次向孙思邈请教。
孙思邈用口传授，就像亲眼所见一样。
东台侍郎孙处约，曾经带着五个儿子孙侹、孙儆、孙竣孙侑、孙佺去拜见孙思邈。
孙思邈说：。
后来都像他说的一样。
后周宣帝的时候，孙思邈隐居至陕西太白山。
隋文帝辅政的时候，想让他做国子博士，他称病不起。
他对亲近的人说：。
唐太宗即位，他被召至京城。
太宗惊异于他的容貌年轻说：太宗要赐他爵位，他坚辞不受。
唐显庆四年，唐高宗召见他，赐他做谏议大夫，他又极力推辞掉了。
唐上元元年，孙思邈托病请求回乡，皇上特意赐好马给他，并且把鄱阳公主的城邑赐给他居祝
有一次，之一的诗人卢照邻病了，住在孙思邈的住宅里，院子里有一棵大梨树，卢照邻在为那棵梨树的一篇辞赋的序言里说：
卢照邻在重病期间，嗟叹人的遭遇不同，长寿短命悬殊。
他求教孙思邈：孙思邈回答说：
孙思邈留下了大量著述，他注释了《老子》、《庄子》，撰写了《千金方》三十卷、《福禄论》三十卷、《摄生真箓》、《枕中素书》 、《会三教论》各一卷。
曾经有个神仙从天而降，对孙思邈说：。
此后孙思邈采用草木做药，以代替虻虫、水蛭的性命。
孙思邈死去时，留下话要薄葬，不准在墓中埋藏殉葬品，不准用活着的牛羊祭奠。
经过一个多月，他的脸色没变。
抬起他的尸体往棺材里装的时候，他只剩下空空的衣服而已，当时的人都感到奇怪。
等到唐玄宗躲避安史之乱，向西到达蜀地之后，梦见一位老汉须发皆白，穿黄色衣服，再三在面前参拜，然后奏道：唐玄宗说：孙思邈说：唐玄宗答应了，心大跳而醒来，立即就令侍臣陈忠盛带八十两雄黄，到峨嵋山去赐给孙思邈。
陈忠盛奉诏之后来到峨嵋山，走到屏风岭，遇见一位容貌很俊逸古朴的老头，穿黄色衣服立在岭下。
老头对陈忠盛说：陈忠盛说：那老头躬身接受，而后说：陈忠盛立即让官吏拿来笔墨之类。
老头指着一块石头说：。
陈忠盛看那石块，果然有一百多个红字，确实是表章。
于是就把那些字抄录下来。
抄完之后，老头和石头全都不见了。
陈忠盛把此事详细地奏明唐玄宗。
唐玄宗询问陈忠盛，老头的相貌与梦中的果然一样。
从此，孙思邈便有时隐没，有时出现。
唐咸通末年，有一家百姓家里一个十几岁的男孩，不吃荤血，父母认为他喜欢善行，让他到僧院做了童子。
忽然有一人自称孙处士，在院中游了一周之后，从袖中取出一包汤药碎末交给童子说：煎好之后，处士饮了一些，把剩下的汤汁给了童子。
童子觉得汤汁的味道极美，希望再给一碗。
处士说：「这药就是为你来的９就把方寸这样大的一匙药沫再让他煎着吃。
吃完之后，童子就乘空飞起来。
众人正在惊异，一看那煎药的锅子，已变成金的了。
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