到了晚年，他对自己继承人的问题开始有所考虑。
他有四个随他一起东征 西讨、骁勇无比的儿子，即术赤、察合台、窝阔台和拖雷。
不过四个儿子中，他比较欣赏的是三子窝阔台，觉得窝阔台是个比较合适的汗位继承人。
蒙古人选取接班人，按照惯例是幼子继承法，但成吉思汗废除了这一规定，选择谁做接班人由自己说了算。
不过新大汗要正式上台，必须在宗亲诸王参加的忽里勒 台大会上通过。
1227年，成吉思汗病重，他将四个儿子召到跟前，正式提出让窝阔台接汗位，其他儿子要团结一致，互相协助。
其实众儿 子私底下早就在打汗位的主意了，汗位每个人都想要，但靠一个人的力量是不够的，所以兄弟之间已分化组合了。
二子察合台和窝阔台关系较好，长子术赤一看情形 不妙，就和四子拖雷卷在了一起，兄弟四人分成了二派。
术赤的生母曾被篾儿乞部落俘掳过，返回途中生下了术赤，因而二个弟弟就对他横竖看不入眼，认为与他是 同母异父。
拖雷对大哥很尊重，二人就自然而然地走到了一起。
成吉思汗生前尽管已决定把汗位传给窝阔台，但最喜欢的是拖雷，出征时常带了拖雷在身旁，对他宠爱有加，家里的珍宝财物也全都交给他打理。
看到拖雷很有军事才能，成吉思汗又把征集的军队交给他管理，蒙古国大部分的军队在拖雷控制之中。
照理，窝阔台接位的事情应尽早放到忽里勒台会议上讨论，但浓重的矛盾使得这个会议在二年后才得以召开，蒙古的汗位空缺了两年，由掌握实权的拖雷摄政。
总 算这个会议召开了，但可以预料的是发生了激烈的争论，会议开了35天也没有结论，窝阔台的对手毫无疑问是摄政了两年不肯交出实权的拖雷。
会上有人提出要按 蒙古的旧例让幼子继位，否定成吉思汗的选择，也有人提出还是遵照遗诏让窝阔台即位。
这时术赤已病死，拖雷是斗不过察合台和窝阔台二人联手的，看看自己势孤 力单，最后只得采取退让的策略，表示支持窝阔台。
元太宗窝阔台上台，使得汗位的争夺一度平息。
可是，这样的结局在术赤和拖雷两系的族人中留下了不满情绪，为以后的汗位之争埋下了隐患。
窝阔台继汗位四年后，拖雷就死了，死因说法不一。
有说饮酒过度，有说得了急病，另有一种比较可靠的说法是，他喝了愿替窝阔台去死的咒水。
1233年窝阔 台亲率大军攻金，拖雷指挥右路军取得了重大胜利。
部队回师时窝阔台得了重病，拖雷侍兄于榻前。
蒙古人深信巫术，找来巫师念咒文。
巫师说，把窝阔台的病涤除 在木杯之中，病就能除去。
如果有人把这杯水喝下去，就能代替太宗去死。
此时，拖雷为了爱护兄长，便端起杯子喊道： 洪福的父亲内定了我兄弟做皇帝，如今如 果失去了皇帝哥哥，这么多的百姓谁来管理？这会使金人很开心的。
上天啊，饶了我的哥哥吧，让我喝了这杯水去替他见你吧！ 说罢，将咒水一饮而荆窝阔台病 好了，拖雷告辞启程，几天后就死去了。
很多人认为很明显在这杯咒水中窝阔台是做了手脚的，毒死了拖雷。
因为拖雷很有军事才能，他的存在就是对自己的威胁， 而且这样做也可以把汗位保持在自己一系下。
元军的甲胄窝阔台因饮酒过度，仅在位十三年就死了，不久察合台也亡故。
窝阔台死后，由皇后脱列哥那哈敦监国。
这位颇有权术的皇后目光短浅，心胸狭隘，斥贤崇奸，弄得内外离心。
1246年秋天，她召集诸王举行忽里勒台大会，让自己的儿子贵由接承了汗位。
长辈之间的仇恨，也传到了后代的身上。
术赤儿子拔都不肯出席忽里勒台大会，上台后的贵由仇恨万分。
1246年贵由即位后，马上发动战争想消灭拔都。
贵由 患有慢性病，这时借口他的旧营霍真地区气候很适宜他的身体，遂发军前往。
当贵由大军接近拔都所在地叶密立时，拔都感到事态严重，坐立不安。
拖雷妻原与拔都 友善，得知定宗贵由的真实意图，迅速派人通知拔都。
拔都遂打出迎接大汗的旗号，发军东进。
两军相近，贵由突然死去。
什么原因，或说是贵由被拔都害死的，或 说是饮酒斗殴而死，至今仍是在个疑案。
贵由死后，贵由妻斡兀立海迷失监国，欲立窝阔台之孙失烈门为汗，理由是窝阔台当初曾有遗诏想立失烈门。
拖雷妻唆鲁禾帖尼很有才干，四个儿子蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里木哥个个能征善战。
在与拔都联手后，她想立自己的儿子蒙哥为汗。
她很有人缘，各方面的关 系处理得十分妥当。
拔都是这一辈中的兄长，遂召集诸王选新汗。
1251年6月，忽里勒台大会召开，贵由子脑忽、忽察和失烈门等人故意迟到。
会上拔都、蒙哥 等人提出太宗遗诏早就应该遵行，但太宗窝阔台系为什么以前要立定宗贵由？海迷失哑口无言。
讨论到最后，拔都说： 拥蒙哥登基，胆敢违反者斩。
于是将蒙哥 推上了汗位。
7月，蒙哥举行了登基大典，这样汗位从窝阔台系转了过来。
宪宗蒙哥上台，对窝阔台和察合台的后裔放不下心来，感到危胁随 时存在。
不久有人告密，说窝阔台和察合台的后代诸王要阴谋武装叛乱。
是否真有其事，是个历史之谜，但蒙哥宁愿认为这是真的，于是马上下诏赐死海迷失及失烈 门母哈特合赤，谪迁失烈门到没脱赤，杀叛将七十多人，流放想叛乱的诸亲王，巩固了自己的汗位。
为了争夺汗位，兄弟之间互相挤压残杀，这无论如何是成吉思汗所不愿看到的。
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