返回南京后， 拟让白崇禧任行政院副院长，仍兼国防部长，以酬其功，白崇禧认识到行政院副院长乃一虚职，便拒绝了 的一番。
是年11月10日，蒋介石召见白崇禧，要他在九江设立国防部九江指挥所，以对抗大别山区的刘邓大军。
11月中旬，国防部九江指挥所正式成立，这是白崇禧自任国防部长以来蒋介石首次给他以部队的指挥权。
白崇禧借此之机，忙向蒋介石提出了他酝酿已久的的战略原则，主张华中只能成立一个战区，以期兵力能够集中使用;主张华中总部设在蚌埠，以重兵运动于江淮河汉之间，巩固南京这个政治中枢的防卫。
但蒋介石不同意，而坚持在徐州成立另一个，以刘峙为总司令;华中不设在蚌埠而设在武汉，也仅指挥江北上游部队。
白崇禧以为中原划分两个战区，缓急不能相顾，根本违背了他的的战略方针，如此分兵使用，后果将不堪设想。
但蒋介石恐怕白崇禧兵权太重，尾大不掉，难以控制，不许所请，反而免去了白的国防部长职位而将其调往武汉任华中。
但白崇禧不肯就任，并在自己的寓所里宴请李宗仁借机诉一下冤，说他将赴上海住一个时期，如蒋介石不答应其的原则，决不接受蒋介石的任命。
不多几天，蒋介石派吴忠信到上海去劝白崇禧接受任命，白崇禧仍不为所动。
后来又叫黄绍竑去劝他，黄一到上海就打电话给白崇禧。
白说：黄说：等到两人一见面，黄绍竑就开门见山地说：白听此说竟然茅塞顿开，随即回南京，同李宗仁面谈一切。
1948年6月28日，白崇禧在汉口就任华中职务。
的主张也就随之搁置不谈了。
是年10月19日，锦州被解放后，何应钦等预感到淮海会战可能随即展开，决定由白崇禧统一指挥华中和徐州两个所属部队，以期集中兵力，保卫南京中枢。
这本7766火线魔盒来是白崇禧当初提出过而被蒋介石否决了的计画。
此次又由何应钦旧事重提。
24日，何电告白崇禧由白统一指挥大军的决策，但白崇禧自有自己的考虑，此次虽让他统一指挥两个战区的大军，但兵力布置与其的主张大相迳庭，他怕蒋介石造成圈套，让他上当。
同时，他发现沪宁一带政治气氛有点异样，呼吁和谈的声浪正在兴起，觉得还是在汉口静观风向为好。
因此白崇禧没有接受任命，把蒋介石气得不轻。
随后，蒋介石电令将华中所辖的黄维兵团和张淦兵团调到津浦路段去参加会战。
黄系蒋的嫡系，白自然同意黄东调参战，还希望看到其溃灭，而张淦兵团是白的老本，无论如何不让调去。
为此白崇禧和蒋介石在电话里吵起来。
蒋介石说明东线战况的需要，白崇禧则以武汉重要，说华中地区部队太少，不能再调。
双方交锋了几十个回合，争吵半个多小时毫无结果。
蒋介石指责白崇禧不服从命令，白崇禧说：气得蒋使劲摔电话机，大骂。
在淮海战役高潮时，白崇禧已预感到了国民党将要覆灭的危机。
白与其作战处长覃戈鸣讨论前途时说：从这时起便开始了和两手活动。
白崇禧于12月末迭次致电蒋介石，建议与共产党谈判。
白的电报是促使蒋介石于1949年1月21日第三次辞职下野的因素。
白崇禧听到蒋介石下野的文告后，从汉口打电话到南京，非常激动地对李宗仁说：李宗仁说：两人因看法相左而争吵起来。
最后李宗仁说：说完就把电话挂断。
李、白感情自此出现了隔阂。
4月上旬，当和谈代表刘斐由北平返回南京报告毛泽东和周恩来的决定，并幻想江南蒋介石的嫡系部队同广西部队合作，以守卫长江。
白崇禧自恃有三四十万能战之兵，为华中擎天一柱，且西南、西北还有半壁河山。
又大反前态，反对和平谈判，准备通盘重新调整部署，与作有计画的长期作战，划长江而南北分治。
但白崇禧并没有完全看清形势。
1949年4月21日凌晨，解放军百万雄师渡过长江，23日解放了南京。
白崇禧率部至以衡阳、邵阳为中心的湘南地区。
解放军乘胜追击，在衡宝战役中重创桂系主力，后又组织广西战役将白崇禧和李宗仁多年经营的桂系武装基本歼灭。
至此，白氏的政治本钱已经输光。
1949年9月下旬，蒋介石抵达广州，他一反过去先召见李宗仁的常态，而是先单独召见白崇禧，并闭门密谈。
蒋介石说：一席话使白崇禧受宠若惊，心中的天平慢慢倾向了蒋介石，后来他对李宗仁谈到此事时，不禁感慨地说：
11月份，蒋介石想复职，见逼李不行，他转过来又要逼他下野的头号人物白崇禧对李施加影响。
吴忠信受蒋之托与白崇禧商洽，吴忠信说：白崇禧被捧得晕晕乎乎，假装推辞：这时，他正窥视著兼的宝座，不过他知道要想谋得个一权半职，没有蒋介石的点头是不行的，所以他虽然仍与李宗仁维系著老关系，但同时对蒋又暗送秋波。
经过这次恳谈，白崇禧转而声称：
同时，白崇禧对李宗仁的所为也日益不满。
他曾对程思远说：他还抱怨说：于是，他决心劝李让步，放弃的名义，让蒋介石复出主政，消除当前危机。
此时，重庆迎蒋复职已如箭在弦上，白崇禧乘机劝李：在蒋介石的逼迫之下，李宗仁嘱托白崇禧见机行事，遂飞往昆明。
李宗仁走后，11月3日，白崇禧与程思远等商量拟出了一个蒋、李妥协的方案：蒋介石宣布复职;李宗仁回任(但因李患胃病，急需赴美就医，并借此在美进行活动);白崇禧任兼。
11月7日，吴忠信将此方案转达到台北，蒋介石认为李宗仁不是真心求退，而是形势所逼，知难而退。
吴忠信也说：蒋介石感到此言甚是切中要害，遂对此方案作如下答复：蒋介石同意复职;李宗仁出国之议此时不能提，一提就表明蒋、李不能合作;白崇禧出任一事，不能作为蒋、李合作的条件。
蒋介石不同意李宗仁出国，那么李氏凭什么答应蒋介石复职呢?至此，白崇禧的调停活动宣布失败。
11月10日，程思远从重庆飞往昆明，向李宗仁汇报白崇禧的调停及结果。
李宗仁借此向程思远倾吐他的想法。
他说：
11月11日，李宗仁自昆明飞往桂林，而蒋介石则由台北飞抵重庆。
行前，蒋亲自电告白崇禧：蒋介石还说：
李宗仁对蒋不予理会，决定先飞赴香港。
白崇禧见李决心已定，知多说已无用，但他还是禁不住问：李宗仁回答：白崇禧最终同意了李宗仁的这一做法。
11月20日，李宗仁包机自南宁飞往香港，当日白崇禧即往重庆拜谒蒋介石，报告李宗仁已飞抵香港。
蒋介石听后不胜骇异，他实在料想不到李宗仁如此孤注一掷。
11月21日，蒋介石再约白崇禧在重庆谈话，谓：白崇禧应承转达此意，但不能强迫李宗仁返渝。
他知道，李宗仁已坚拒同蒋氏合作了，这时让李再回重庆那将意味着什么。
作为患难兄弟，他还不忍心出卖朋友。
28日，居正、朱家骅等到香港，带去了国民党中央常委会决议：李宗仁接此决议后严肃声明：本人具有地位，不受中央常委会决议所限制。
朱、居等人无可奈何而归。
不久，解放军相继解放桂林、柳州、梧州等地，桂系精锐大部被歼，白崇禧退守海口，李宗仁赴美就医，蒋介石回到台北。
12月10日，蒋介石命前军政部军需署长陈良和陆军副总司令罗奇到海口白崇禧住处。
他们两人各有使命：陈良带去金砖数万两，说是清发所欠华中部队军费;罗奇则请白崇禧去台北与蒋共商大局，并暗示蒋有意让他出任一职。
对于蒋介石的恩宠，白崇禧自然心知肚明：老蒋与他是假，到台北是真。
因为蒋氏的复职活动一直没有停止，现在李宗仁在美养病，蒋就更振振有词了。
但是，不管怎样，做组阁是极具吸引力的一件事，他不能错过这次机会。
12月15日，白崇禧联名李品仙、夏威等桂系将领致电李宗仁：李宗仁复电云：
白崇禧接电后左右为难，一个要夺回之职，一个死活不让，他既曾是李宗仁的患难兄弟，又是蒋介石的一个马卒。
权衡利弊，蒋氏是早晚的事，不如投靠蒋罢，或许能弄个当当。
为了探清蒋介石邀他赴台的真实意图，白崇禧特派李品仙飞台谒蒋。
李品仙抵达台湾后不久致电白崇禧，说总裁请白先生组阁出于至诚，具体情况请到台后一叙。
12月26日，白崇禧收到李品仙的信息后再次致电李宗仁，他想劝李宗仁回心转意以博取蒋介石的欢心。
处于李品仙、罗奇、陈良包围中的白崇禧在蒋介石函电交驰的催促下，终于在12月30日乘专机飞台。
对白崇禧的这一轻率举动，程思远后来说：算计种种不及蒋介石，最终自投罗网。
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