大量官僚无所事事，却占据着重要的职位；工作效率低，擦肩而过的趋势很普遍。
当然，这种官僚体制不利于政府，也不能适应改革的需要。
因此，经过慎重考虑，宋神宗决定改革官僚体制。
首先，要整顿中央机构，使“台、盛卫、监的官员尽忠职守，凡受of/きだよよ封号者，一概免除，取之容易，其理由是控制鲁”。
适当合并机构，减少官员，让官员名副其实，有权工作。
设立中书、门下、尚书三省，掌管中央行政。
中书省的长官宣布皇帝的命令，回复大臣们的讲话，决定重要官员的任免，并设立了八个办公室，如办公室。
在门下，省主任应当审查中书省规定的事项。
尚书省是行政机关，有六位总理，行使实际权力。
然而，兵部只保护盔甲和民兵，实际的兵权仍由皇帝和枢密院掌握。
这样，自宋初以来，中央机构职位空缺多、实际职位少的弊端得到了扭转，消除了“三省诸侯不预政，六曹不尽职”的怪现象。
其次，宋神宗统一了全国官员的工资。
将只领俸禄的虚拟官员改为相应的等级，并按等级发放，以方便官员的考核和使用，使“士大夫能任其职，知其责，不致失宠于鲁”，从而充分发挥官员的积极性。
宋神宗对元丰的改革起到了积极的作用，但在当时的历史条件下，他没有也不可能进行彻底的机构改革和精简官员，所以他有良好的愿望，但不能达到巩固改革成果的目的。
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