原因包括以下三个方面：
一、轰炸东京已经没有意义。
事实上，美国早就轰炸过东京，而且是不止一次的狂轰滥炸。
其中最著名的，当属被称为“李梅火攻”的东京大轰炸。
自1941年珍珠港事变之后，美国就曾派出了16架轰炸机对东京、名古屋等城市进行了轰炸，而且每年美国都会定时对东京进行空袭。
不过这些轰炸多半是象征性的任务，以工业厂房军事基地为主，并没有大规模的破坏居民区。
1945年开始，美军开始加大对日本的轰炸规模。
3月9日，美军向东京投下了超过2千吨的燃烧弹，东京有四分之一地区被夷为平地，近十万百姓死亡。
在这之后，美军的轰炸越来越勤。
截至到1945年7月4日，美军发言人称，日本已经受到了10万吨炸弹的轰炸，除了轰炸工业和军事基地外，其他大部分炸弹都扔在了东京。
也就是说，东京早就已经被炸得千疮百孔了。
就算再投一颗原子弹，局面也不会有太大的变化，日本人依然不会选择投降。
二、美军不希望炸死日本天皇。
美国从来没有在战争中使用过原子弹，并不清楚其威力。
万一把日本天皇给炸死了，事情会变得非常麻烦。
首先，想要让日本投降，裕仁天皇是一个非常关键的人物。
他在日本国内具有绝对的权威，是一个重要的谈判对象。
只要他宣布投降，那么狂热效忠于他的日本士兵肯定也会投降。
假如他要是死了，日本其他人都不具备天皇的威信，无法代表整个日本，日本极端分子肯定还会继续战争。
其次，天皇一旦死亡，极有可能激怒整个日本。
美国本来就是希望通过原子弹的投放来结束这场战争的，而不是加大仇恨的。
天皇一死，“一亿玉碎”真有可能实现不说。
就算美国最终胜利，战后的管理工作，也是一个巨大的问题。
难不成要灭亡日本整个民族?因此，美国绝不会将原子弹投向天皇所在的东京。
三、原子弹投在广岛和长崎效果更好。
广岛是和长崎是日本重要的工业城市，日军的有许多兵工厂都修建在这两座城市。
炸这两个城市，等于打击日军的后勤补给线，对于战争是有积极意义的。
而且，由于原子弹是新式武器。
美国需要通过一场轰炸来测试其实际威力。
像东京这种已经被轰炸多次的城市，根本无法测试出原子弹的真实威力。
广岛和长崎地势平坦，而且遭受的轰炸较少，最适合美国人投放原子弹。
因此，从以上各个原因来看，东京实在不是原子弹投放的最佳地点。
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