1945年9月，为执行中共中央关于向东北发展，并争取控制东北的战略部署，由新四军第二师和山东军区运往东北的一部分部队，分别进至哈尔滨以东、以南地区，与当地抗联、县大队、保安队等合编成武装团队。
1945年11月，松江军区正式成立，并以哈尔滨市为中心，划分哈东、哈西、哈南、哈北4个军分区，哈东军分区即是独二师最早前身。
日本投降后，东北抗日联军李兆麟率部配合苏联红军，先期进入哈尔滨。
他派李忠义等人到阿城、玉泉建立保安队，扩充部队力量。
1945年10月底，中共滨江地区工作委员会接管阿城，组建县保安队130人，11月保安队扩充达1300余人。
哈东军分区司令员温玉成率领260名军队干部到阿城接收整编部队，建立了哈东保安第一、二、三团，共1600余人。
温玉成带来的主要来自华中新四军第二师抽调的两个团架子(有干部无士兵)，因此干部配备很强，但部队基础弱，需要通过整训和作战锻炼来提高战斗力。
1946年初，“东总”发出剿匪工作指示，决定在最短时期内，坚决彻底肃清土匪，发动广大农民，建立巩固的后方。
哈东军分区除三团担负警备哈(尔滨)宾(县)公路及北满领导机关的任务外，温玉成亲率第一团实行清剿。
他们首先在五常至拉林间的八家子歼匪200余人，紧接着奔袭张家糖坊，全歼叛匪刘铭久部，然后协同兄弟部队横扫松花江南北，先后解放了木兰、通河、方正等县。
驻守宾县的警卫部队，也粉碎了一起土匪密谋里应外合的武装暴乱。
至1946年春，松江地区内局势大致稳定，部队在剿匪战斗中也得到初步锻炼。
1946年4月，第一、三团推进到哈尔滨市近郊，28日配合兄弟部队解放了哈尔滨，担任该市的卫戍任务，尔后又在哈尔滨以东地区协助地方政权进行清匪反霸、发动群众的工作。
1946年12月，东北民主联军总部命令：以松江军区哈东军分区机关和所属第一、三团及哈北军分区第四团为基础组建东北民主联军独立第二师，这是东北我军成立最早的一个独立师。
师长温玉成、政治委员张池明、政治部主任李道之。
1947年1月，该师正式成立，下辖3个步兵团(仍使用原番号)，直属东北民主联军总部领导。
哈北军分区第四团也是以华中新四军二师的干部为团架子组成的，在分区领导下，部队素质较好，战斗力亦强。
独立二师组建时，补充了巴彦、阿城、延寿三个县独立团到各主力团，全师约6130人，另配属了松江军区主力第七团，即开赴前线参加“三下江南”战役。
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