蒋介石为此设下严令，要求无论任何情况，孙蔚如的部队都不能退过黄河。
表现上，蒋介石好像是在死守中条山，实际上连日本人就知道蒋介石的险恶用心，蒋介石借让孙蔚如镇守中条山，先是免去了孙蔚如陕西省政府主席职务，实际上就是把原杨虎城的部队排挤出故土，之后又想借日军之手彻底歼灭这支部队，自己的中央军就可以坐收渔翁之利。
孙蔚如当然明白蒋介石的用心，但他又担心杨虎城的生命安全，所以不得不遵守蒋介石的军令。
所以他鼓励军队，以民族大义为重，尤其劝说那些认为不应该把杨虎城将军缔造的这支部队送去当炮灰的老将，最终让整支部队同仇敌忾，下定以死抗战的决心。
但日军毕竟拥有空军炮兵的配合，两年时间里，孙蔚如部队经历的每一战都堪称惨烈。
正面战斗不敌，孙蔚如就带着部队收缩防线，灵活出击。
用运动战、突袭战拉扯日军，日军大部队被骚扰的苦不堪言，越是急于跨过中条山越是会吃大亏。
当然孙蔚如也付出了惨痛的代价，因为蒋介石给予的援助十分有限，孙蔚如的部队最终付出了近2/3的人员伤亡，堪称用血肉之躯捍卫了关中沃土的安全。
随后各地进步记者、各界代表团纷纷来到中条山慰劳官兵，在这种情况下蒋介石也做出姿态，盛赞孙蔚如的抗日功绩。
但这仅仅是表面文章，在孙蔚如抗战中条山的这两年里，无论是人员还是物资都得不到国民党方面的支持，相反共产党却给予了孙蔚如许多援助，这也引起了蒋介石的忌恨。
他曾调防河南守备防线百余里，目的就是让孙蔚如远离八路军，同时也在严查通共分子。
孙蔚如在指挥大战的同时，还要分心应付蒋介石借清查“共党分子”的理由对部队施加的种种迫害，在这种内外交困的情况下，孙蔚如能与国民党几十万一触即溃的大军产生鲜明对比，实属不易。
只可惜蒋介石并没有因为孙蔚如的抗日功绩放过他，他使出一招明升暗降，将孙蔚如部队中的高级将领全部撤换，孙蔚如本人虽然胜任第六战区司令长官，但是手上毫无兵权，而且周围都是蒋介石的耳目。
好在抗战胜利时，蒋介石让孙蔚如出任武汉区受降司令，把抗日的荣耀还给了他。
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