第一位是明朝的开国皇帝明太祖朱元璋。
朱元璋称帝后建都南京，死后便葬在了南京，他的陵寝为明孝陵，现位于南京市玄武区的钟山景区。
第二位是明太祖朱元璋的孙子、懿文太子朱标的次子建文帝朱允炆。
由于靖难之役的发生，朱允炆在战乱中下落不明，所以没就有陵寝。
第三位则是明代宗朱祁钰，因他的兄长明英宗皇帝朱祁镇在土木堡之变中被瓦剌所俘。
孙太后在大臣的劝说下，立时任郕王的朱祁钰为帝。
后来，被瓦剌放回后明英宗于景泰八年，在心腹的谋划下，发动了“夺门之变”并成功复辟，朱祁钰因此被废并软禁。
朱祁钰死后，明英宗下令捣毁了其生前所建陵寝，只是以亲王的规格将其葬于北京西郊的金山(今玉泉山的北麓的景泰陵)。
明宪宗朱见深即位后又恢复了他的帝号，并将其陵寝扩建为皇陵。
明世宗朱厚熜又进行了修建，使其符合帝陵的规制。
这就是明朝有十六位皇帝，为什么明十三陵却只葬了十三位的原因了。
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