随着神宗的怠政，时期所营造的良好氛围也随之烟消云散。
内有连续不断的农民起义，外有日渐紧张的国际威胁。
对明朝震动最大的主要有三次，即宁夏 拜、播州杨应龙相继叛乱，日本侵略朝鲜，对辽东地区的安全构成严重威胁。
后人把这三次战争为三大征。
三次战争中，明朝都及时地应对，派出精兵强将进 行镇压或征讨，尽管都取得了胜利，但是代价也是沉重的。
三次战争耗尽了国家的财力，女真人随后以暴风骤雨般的态势兴起，统一了女真各部，建立了后 金国，从此明朝陷入了战争的深渊。
一、平定宁夏拜之役。
自从河套地区成为蒙古骑兵的牧场之后，明朝陕西、甘肃地区成为蒙古和汉族交 往最为频繁的地区。
许多蒙古的亡命之徒纷纷投降明朝。
拜原为蒙古族人，因得罪了长官，父兄都死于刀下，走投无路的拜在嘉靖时期降明。
由于拜作战勇 猛，屡立战功，他的官衔也随之一路飚升。
从都指挥使到参将，再到副总兵。
万历十七年（1589），拜以副总兵衔致仕，其子承恩袭职，为宁夏卫指挥。
虽 然拜告老退休，但仍手握总兵，是当地一个不可轻视的大军阀。
万历十九年（1591），火落赤等部落入侵，明朝紧急调兵前往镇压。
拜自请率子承恩从 征。
在平叛的过程中，明军的军备之差一览无余，拜产生了非分之想。
加上平乱后，甘肃巡抚党馨不但不为拜叙功，反而核查他冒粮之罪，并克扣他的军饷。
这 让拜心里更为不平衡。
万历二十年（1592）二月，拜唆使军锋刘东、许朝等在灵州（今宁夏灵武）起事，杀党馨及副使石继芳，焚 烧公署，释放狱囚，纵兵大掠。
哗变后，刘东自称宁夏总兵，承恩、许朝为副总兵，，拜义子云、土文秀为左右参将，共奉拜为主。
宁夏叛乱后，附近的 堡卫也纷纷为叛兵所据。
叛军又四处攻掠，接连攻克中卫、广武等地，明守臣或降或走，河西四十七堡相继陷落。
加之盘踞在河套地区的鞑靼部虎视眈眈，西北为之 震动。
三月，总督魏学曾调兵遣将讨伐叛乱。
先后收复了河西诸堡。
拜父子向河套地区的鞑靼首领卜失兔部求援。
卜失兔与拜合兵攻平虏 堡，兵败，卜失兔败逃出塞。
四月，明廷自宣大调李成梁之子李如松为提督陕西军务总兵官，浙江道御史梅国桢为监军，领兵来援。
又任朱正色巡抚宁夏，甘肃都御 史叶梦熊协力平乱。
五月，明廷特赐总督魏学曾上方宝剑，违令者立斩。
六月，叶梦熊自甘州（张掖）携带神炮火器四百车至宁夏。
浙江巡抚常居敬募兵千人，自办 军粮，前来增援宁夏。
明军声威大振。
但是叛兵的势力也非常强大，在五月一直激战到七月，双方伤亡惨遭，灵州却仍然在叛军的控制下。
七月，魏学曾被弹劾免 职，由叶梦熊代为总督，仍持剑督军。
叶梦熊为了早日解决战斗，下令决黄河水淹宁夏城。
首先在城周围筑起了长约1700丈的围堤，然后掘开黄河大堤，宁夏城 外水深达八九尺。
城内也是弹尽粮绝。
叛军之中人心惶惶。
此时叶梦熊又用离间计，导致叛军内部互相残杀。
刘东、许朝诱杀土文秀，承恩又诱杀刘、许二人， 开城投降。
叶梦熊等明军率部进城，马上俘虏了承恩，进围拜的府邸，拜自缢而死。
接着尽杀拜部下降人二千，押送承恩至京师处死。
明廷为了镇压叛 乱，共调集了东自辽东、南自浙江的明朝精兵，历时半年，付出了沉重的代价。
二、平定播州杨应龙之役。
播州（今遵义一带）处在四川、贵 州与湖南的交界地带，包括长江以南乌江以北，今遵义、桐梓、茅台诸县。
也就是夜郎侯国的所在地。
到了中后期曾被南诏国占领。
唐懿宗咸通 （860－874）年间，为太原人杨端（汉族）收复，后由于黄巢大起义，与中央交通断绝，遂世代占有其地，成为国中之国。
至明初，这个独立小王国已经传袭 了21世代。
明太祖灭四川明氏，杨氏降明。
明朝为之建播州城，在当地实行土司制度，设宣慰司，杨氏世袭宣慰使，统辖草塘、黄平安抚司，及真州、播州、余 庆、白泥、容山、重安六长官司。
穆宗隆庆五年（1571），杨应龙袭职为播州宣慰使。
杨应龙骄横跋扈、作恶多端、肆意杀人，又蔑视朝廷。
万历十八年 （1590），贵州巡抚叶梦熊疏论杨应龙凶暴诸事，巡按陈效历数杨应龙24大罪上奏。
此时明廷正调播州土兵去协守松潘，四川巡按李化龙上疏请让杨应龙戴罪 立功。
不久，杨应龙因宠爱小妾田雌凤，杀死嫡妻张氏，妻叔张时照与所部何恩、宋世臣等上言，告杨应龙谋反。
贵州巡抚叶梦熊主张立即派兵征剿，四川巡抚、巡 按主张招抚。
由于杨应龙主动到重庆接受审讯，此时又逢明朝在朝鲜用兵，杨应龙表示愿随军征日本，明廷于是将其释放。
万历二十一年 （1593）正月，巡抚都御史王继光到重庆，对杨应龙严加审讯，杨抗命不出而不再接受审讯。
王继光一意主剿，与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军并进。
在娄 山关一带地方，明军战败，都司王之翰所部被杀伤大半，只得撤兵。
次年三月，明廷以兵部侍郎邢总督贵州。
万历二十三年（1595）邢到四川招抚，准杨应 龙输四万金赎罪，又以重庆太守王士琦为川东兵备使，防备杨应龙。
杨应龙对明廷输金赎罪，暗中却积蓄力量，图谋割据称王，令州人称己为千岁，子朝栋为后主； 分遣部下置关据险，防止朝廷进剿。
万历二十六年（1598）十一月起兵攻掠贵州洪头、高坪、新村诸屯；又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。
次年二月，贵州巡抚江 东之命都司杨国柱等率兵三千进剿，结果大败，杨国柱战死。
明廷闻讯大惊，任都御史李化龙兼兵部侍郎节制川、湖、贵三省兵事，并增调延宁四镇、河南、山东、 天津、浙江、福建、云南、广东等地部队前去会剿，同时还动员了周边各土司出兵协助。
万历二十八年（1600）春，各路明军陆续抵达川贵两剩辽宁工业大学一卡通李化龙部署各 路明军分八道进兵：四川方面分为四路，总兵官刘由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁出发，合剿贵患；贵州方面则分为三路， 总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤龄由沙溪，总兵官李应祥由兴隆出发；湖广方面一路，分两翼，总兵官陈由偏桥，副总兵陈良由龙泉出发。
每路兵丁约3万人， 几乎是倾全国之师会剿播州。
杨应龙认为，明军各路之中以刘部最为精锐，即命子杨朝栋率精锐迎击，被刘军击败。
各路明军乘势猛攻， 四川方面攻下形势险要的娄山关；贵州、湖广出发的明军，攻下乌江一线，逐渐缩小了包围圈。
到五月十八日，八路明军会集于遵义以北的海龙囤下，分批猛攻。
海 龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。
杨应龙自缢而死。
其子朝栋，弟兆龙等被俘，解至京师处死。
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