《尼尔：伪装者》是以2010年4月发售的《尼尔：伪装者》为基础制作的强化版，描写2017年2月发售的《尼尔：机械纪元》当中的世界是如何形成的故事。主角是一位住在边境村庄的善良少年，他为了拯救罹患不治之症「黑文病」的妹妹「悠娜」，与会说人话的神秘书本「白书」一起踏上旅程，找寻治疗妹妹的最后一线希望──「被封印的话语」。