东厂和锦衣卫之间，在权力来源、职责、人员乃至办公场地上，都存在非常大范围的重叠。
虽然在法律上，东厂并不管辖锦衣卫，锦衣卫也不向东厂汇报工作，但是在实践中，锦衣卫几乎总是受到东厂的节制，而且在大部分时候由东厂布置工作。
在权力来源上，东厂（全称东缉事厂）和锦衣卫（全称锦衣卫亲军都指挥使司）都直接听命于皇帝，任何官署不得节制。
但是，东厂提督一贯由司礼监秉笔太监兼任，而锦衣卫指挥使则是外臣担任。
所以，东厂提督太监可以在任何时候出入宫禁，面见皇帝；锦衣卫指挥使则只能通过正常途径求见，在明朝中后期甚至不可能见到皇帝。
所以，自明朝中期以后，锦衣卫的权力不得不逐渐下降，东厂的权力凌驾于其上。
何况，东厂提督一般是司礼监的二号、三号或四号人物，司礼监又是明朝中央决策的两大中枢之一（另一个是内阁），所以东厂对于朝廷高层动向的掌握程度，绝非锦衣卫可比，当然会对锦衣卫拥有极大的优势和管辖权。
在职责上，东厂只有一个使命，那就是皇帝的直属特务；锦衣卫的使命要庞杂的多，包括皇帝的仪仗、京城的巡查和军事情报工作等，特务活动只是其中一项。
在从事特务活动时，东厂一般负责决策和监督，实际执行都由锦衣卫完成。
例如，令人闻风丧胆的诏狱就是由锦衣卫管理，又称锦衣卫狱；东厂决定捉拿人犯，也是由锦衣卫的缇骑去执行。
在人员上，东厂的一个重要特点就是“无专官”，上层官员都是司礼监宦官兼任，中下层官员都是锦衣卫官员兼任。
东厂的高级武官有掌刑千户、理刑百户，均由锦衣卫千户、百户中选出，称为贴刑官；下级武官数十人到数百人不等，也是锦衣卫成员。
在办公场地上，东厂有自己的镇抚司和监禁场所，不过基本上还是以锦衣卫的北镇抚司和诏狱为主。
毕竟锦衣卫亲军都指挥使司的历史比较悠久，人员场地比较齐全，在法律上也更有依据；东厂只是大脑，不需要占据太多地方。
厂卫特务机构在明朝历史上，几乎没有产生严重冲突的时候，倒是东厂与西厂之间产生过矛盾。
锦衣卫指挥使的地位，几乎从来无法与东厂提督太监相提并论——后者堪称明朝政治的实际决策者之一，前者只是一个高级武官。
后来又形成惯例，锦衣卫北镇抚司审理案件时，必须由东厂派人到场监督，锦衣卫进一步沦为东厂的打手。
到了天启年间，九千岁魏公公掌权的时候，锦衣卫基本就变成了东厂的提线木偶，魏公公自己是司礼监秉笔太监兼东厂提督太监，他的干儿子是锦衣卫指挥使，锦衣卫缇骑就是东厂特务，两个机构彻底合流。
明思宗上台之后把他们俩都弄死了，不过明朝也快灭亡了。
最后再说一句：现在有一种说法，称东厂和锦衣卫不是特务机构，因为他们抓人需要有刑科给事中颁发的佥签，不算直接听命于皇帝云云。
这又是对我国古代专制制度的一知半解：按照规定，东厂和锦衣卫拿人确实都需要佥签，但是规定难道就有用吗？皇帝抓刘瑾也好，抓九千岁也好，都是一张纸递出去完事了，谁敢要佥签？缇骑抓东林党人闹得天下骚动，你敢问人家有没有佥签吗？
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