这个问题得分时期谈。
1.在罗马皈依基督教前，希腊罗马古典时期，也就是在以色列王国被罗马灭亡以后，罗马对统治下对犹太人确实以宗教为借口进行了迫害。
因为那个时候罗马还信奉的是希腊的多神教体系，犹太教的一神论是真正的异教徒，同时这也是罗马的一贯方针，征服到哪里就把罗马思想带到哪里（高卢、英国、北非无不受此影响，只是说那些地方的文化还十分原始，无法与罗马文化产生对抗），但在巴勒斯坦地区，以色列王国有自己的宗教、文化体系，因而产生了激烈的对抗，为了打压不服统治的犹太人，罗马就以宗教为由实施了最早的排犹政策。
2.在罗马皈依基督教以后，罗马教廷对犹太人延续了以前的排犹政策。
形成这样的情况，一方面是宗教政策上的惰性，另一方面实则是为了延续在巴勒斯坦地区的统治和高压政策。
也是在这一时期，随着罗马帝国的衰落和穆斯林的入侵，犹太人开始散落于旧大陆各地（欧洲，非洲的埃塞俄比亚，中国也有）。
其实单从宗教的起源和结构上来说，犹太教和基督教是极其相似的，因为犹太教基本上说可以是基督教的前身，是同源的，只是说两者尊崇的经典不同，犹太教是旧约，基督教是新约，就像基督教徒不会排斥天主教或者新教徒一样，犹太人单纯因为宗教原因被迫害是很少的，并不像基督教和伊斯兰教之间有着不可弥合的文化裂缝，这也是为什么纵使有过无数次反犹排犹的风潮，在现代，犹太人依然和欧美主流社会融合在一起的文化基础。
因而，欧洲多次的反犹排犹，实则是统治者现实统治的需要。
这在中世纪和其后直到希特勒时期的反犹措施中得到了极大的体现。
3.在中世纪及以后，对犹太人的迫害几乎就是单纯为了统治上的需要。
犹太人之所以能获得众所周知的经济上的成功，其实正是源于遭受的迫害压迫政策，所以他们的就业和经营也受到了很大限制，不少人只能去从事商业和金融业，特别是信贷行业。
在这样的情况下，犹太人往往坐拥着大量的流动财富，这些都是统治者最喜爱和需要的（相比于不能迅速兑现的土地，在纸币出现之前的金银货币都是硬通货，对于统治者来说是非常需要的），加之犹太人民族离散和没有政治地位的事实，往往犹太人成为了统治者需要金钱或者需要转移社会矛盾时的牺牲品，比如从公元1182年到1321年，法国曾四次驱逐犹太人，为了财税收入又四次召回犹太人。
1361年法国国王好人约翰被英国俘虏，为了筹集巨额赎金，允许犹太人返回法国，1394年又把他们驱逐了出去。
再比如19世纪末20世纪初俄国的沙皇政权就利用反对犹太人来转移国内的不满，在当时的反犹浪潮中起到了推波助澜的作用。
同样的20世纪三十年代，希特勒的纳粹势力同样是利用人们对犹太人的仇视来一步一步夺取权力的。
总的说来，在中世纪以后至近代，特别是民族国家崛起以后，对犹太人的迫害对统治者来说在短时期内往往是名利双收的好事，所以时常发生。
长期以往，也就渐渐讲排犹的种子植入了欧洲某些地区的文化当中，最后以至于发生了二战期间民族灭绝的惨剧。
总结起来，犹太人受到歧视有者多种多样的原因，首先宗教只是一个导火索，是中世纪以前排犹的焦点内容，既是反犹排犹的原因更是反犹排犹的结果，反犹的宗教政策其实更多是为统治者统治犹太人提供了工具，去认真探讨基督教和犹太教的区别对认清排犹本质是没有任何意义的。
以宗教为工具进行统治在历史上有着许许多多的例子，如果说想了解的话可以看看中国南北朝的佛教政策甚至是罗马早期对待基督教的政策，和罗马对待犹太教的政策有诸多相似。
第二，犹太人受排挤有其民族自身的历史原因，在以色列王国被两次灭亡之后，犹太人彻底告别了故土巴勒斯坦，开始散居于旧大陆，缺乏民族集聚和政治地位，这为统治者对其进行迫害提供了基础，特别是在欧洲民族国家渐渐形成之后，这可以同我国的民族聚居地区的情况作对比，在少数民族聚居的地区统治者再强势也难以对抗该地的少数民族，像土司制度和民族自治制度都是对此的认可和妥协，可惜在巴勒斯坦以后犹太人一直没有较大的聚居地区，这也是为什么现代以色列国对待土地和政治话语权问题如此执拗的原因之一。
第三，犹太人在经济上取得的成功，这也是犹太人长期受迫害的最重要的原因。
吉普赛人也和犹太人有着一样的流浪特性，但为什么吉普赛人并未遭受犹太人如此频繁的迫害？（当然要承认，吉普赛人也是纳粹种族灭绝政策的受害者）因为驱赶吉普赛人只能得到大篷车和乐器，驱赶犹太人却能够得到大量的财产。
在中世纪以后，特别到了近代，对犹太人的迫害几乎已经不再打着宗教的幌子了，而是直接露骨的以劫富为由，这也反证了宗教原因并非排犹的主要原因。
关于欧洲统治阶层对犹太人的长期压迫，我觉得可以借鉴一下元代的民族分级制度，只是其长期存在而已。
大概说完了。
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