题主所说的情况，绝大多数是由剧组人员在动物专家的辅助下，于专门的饲养箱中饲养动物并进行拍摄的。
摄像机一侧的箱体采用玻璃，洞穴横剖面直接可见，便于剧组观察、布光和拍摄。
很多动物纪录片中，虽然动物看起来是野生的，但其实它们往往是由人工饲养的。
如大名鼎鼎的奥斯卡最佳纪录片奖获奖影片《迁徙的鸟》中所拍摄的灰雁等鸟类，就是由摄像师亲自饲养并训练的，意在使动物亲近人类，并消除对拍摄器材和交通工具的恐惧感。
如果确实需要在野外环境下进行拍摄，则往往需要将摄像器材精心伪装成石头、树桩等大自然中的物品，避免对动物的生存环境造成干扰。
若夜间拍摄，一般使用红外线成像技术，避免使用可见光照明。
目前此类题材的纪录片主要是欧美发达国家的团队在拍摄，国内的作品还很少，水平也相差甚远。
毕竟纪录片要耗费很大的人力物力和时间成本，投资巨大而国内的市场狭小，外销又很困难。
所以基本没有人愿意去做。
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